دقیقاً نمی‌توان مرز زمانی مشخصی برای شروع جنگ‌های بیولوژیک یا کاربرد میکروارگانیسم‌ها و سایر عوامل در جنگ تعیین نمود. تفکیک و اثبات بین عمدی بودن و یا طبیعی بودن عامل بیولوژیک بسیار دشوار و تقریباً ناممکن است، مگر در مواردی که عامل بروز به هیچ وجه بومی آن کشور نباشد. به همین دلیل طراحان حملات بیولوژیکی برای پرهیز از امکان اثبات ادعای بکارگیری سلاح کشتارجمعی به نحوی برنامه‌ریزی می‌کنند که ضمن آسیب‌رسانی از مظان اتهام مبری باشند. انسان‌ها همواره درصدد بوده‌اند به نحوی بر هم‌نوع خود غلبه و سیطره یابند و برای نیل به این منظور از کلیه امکانات موجود در دسترس خود استفاده کرده‌اند. کاربرد عوامل بيولوژيك حداقل به ٢٠٠ سال قبل از میلاد مسیح برمي‌گردد. عوامل بیولوژیک در گذشته‌های دور شامل موجودات زنده از قبیل فیل، اسب و غیره بوده است، اما در حال حاضر به میکروارگانیسم‌ها و مواد مترشحه سمی آنها بدل شده است. مطالعه تاریخچه جنگ بیولوژیک به دلایل زیادی پیچیده و مشکل است. ازجمله اشکالات موجود در تائید ادعاهای حمله بیولوژیک، فقدان اطلاعات اپیدمیولوژیک و میکروبیولوژیک مناسب با توجه به ادعاها یا سعی و تلاش در حملات، استفاده از ادعاهای حمله بیولوژیک برای تبلیغات و محرمانه بودن برنامه‌های سلاح‌های بیولوژیک و کاربرد آنها در کشورها. تاریخچه پیشرفت عوامل بیولوژیک شامل دوره‌هایی از کاربرد اجساد آلوده به عوامل عفونی تا دوران کاربرد عوامل خاص بیماری‌زا و همین‌طور میکروارگانیسم‌های دستکاری شده توسط مهندسی ژنتیک قابل تقسیم‌بندی است. همچنین کاربرد و توسعه عوامل جنگ‌های بیولوژیک و عوامل توکسینی را به لحاظ تاریخی می‌توان در چهار مرحله اصلی قرار داد.
مرحله اول: مرحله کلاسیک
در این مرحله چگونگی توسعه و کاربرد عوامل بیولوژیک مورد تجزیه و تحلیل قرار می‌گیرد. از خصوصیات بارز این مرحله کاربرد مستقیم عوامل بیولوژیک و توکسین‌های آنها به عنوان یک سلاح یا جنگ‌افزار است. در قسمت اعظم این مرحله انسان فاقد دانش و اطلاعات مکفی درباره حضور باکتری‌ها، ویروس‌ها و سایر عوامل در سلاح‌های بیولوژیک بوده و همچنین درباره ژنتیک میکروارگانیسم‌ها و روش‌های بهینه کردن سویه‌ها، تخصصی وجود نداشته است. این مرحله از دوران‌های خیلی قدیم شروع شده و تا اواخر جنگ جهانی دوم به طول انجامیده است.
مرحله دوم: توسعه ژنتیک میکروب‌ها
در این دوران توسعه ژنتیک میکروب‌ها و دیگر زمینه‌های بیولوژی سلولی و مولکولی و کاربرد تکنولوژی‌های ناشی از این علوم در جنگ‌های بیولوژیک مدنظر قرار می‌گیرد. این مرحله از جنگ جهانی دوم شروع شده و تا دو الی سه دهه بعد از آن به طول می‌انجامد. این برهه منتج به توسعه عوامل بیولوژیک خطرناک‌تر از طریق روش‌ها و تکنیک‌هایی همچون موتاسیون، گزینش و پروتوپلاست فیوژن شد. در این دوران توجه ویژه به انتخاب سویه‌های بیماری‌زا بود تا به عامل جدید. پیشرفت دانش آدمی در ژنتیک میکروب‌ها و همین‌طور پیشرفت آئروبیولوژی از دیگر عوامل مؤثر در مدرن کردن سلاح‌های بیولوژیک در این دوران قلمداد می‌گردد.
از ديگر جنبه‌های پیشرفت در این دوران می‌توان به موارد زير نیز اشاره نمود:
1. تعیین ساختار و هويت DNA به عنوان مهم‌ترین ماده ژنتیکی؛
2. کشف و کاربرد انواع مختلف روندهای پاراسکسوال مانند ترانسفورمیشن، ترانس‌داکشن و هم‌يوغی که باعث انتقال متناوب ژن‌ها مابین سويه‌های باکتريایی می‌گردند؛
3. آشکارشدن و کاربرد موتاژن‌های فیزيکی و شیمیايی که باعث ايجاد تغییرات ژنتیکی می‌گردد.
سرلوحه تحقیقات در اين دوران انتخاب میکروب‌هایی با خصوصیات جدید به وسیله تکنیک‌های فوق‌الذکر است که امکان انجام اين عمل بر روی ويروس‌ها نیز میسر گردید. در این دوران ویرولانس عوامل بیماری‌زای موجود و همین‌طور مقاومت این اجرام بیماری‌زا بر علیه آنتی‌بیوتیک‌ها و عوامل شیمیوتراپی، افزایش چشمگیری داشته است. اضافه بر آن در این دوران، تحقیق بر روی توکسین‌های باکتریایی شروع شد. پیشرفت‌ها و تلاش‌های اخیر موجب سلاحی كردن توکسین‌هاي بيولوژيك مهلكي مانند بوتولینوم و ريسين گردیده است. در مقام مقایسه کاربرد اين سموم بسیار وحشتناک‌تر و مخرب‌تر از سمومی مانند كورار و توكسين‌هاي مشتق از دوزيستان است كه سرخ‌پوستان آمريكاي جنوبی، نوك پیکان‌های تير و كمان خود را به آنها آلوده می‌کردند.
مرحله سوم: بکارگیری علم مهندسی ژنتیک
توسعه عوامل و سلاح‌های بیولوژیک و توکسینی هم‌زمان با به وجود آمدن علم مهندسی ژنتیک و با بکارگیری آن در تولید نسل جدید سلاح‌های بیولوژیک، از کنوانسیون سلاح‌های بیولوژیک سال 1972 میلادی به بعد آغاز شده است. تولید عوامل زیستی زیان‌آور، همواره به عنوان خطرناک‌ترین تبعات بیولوژیکی نو‌ترکیبی DNA با مهندسی ژنتیک شناخته می‌شود. مدارک و سوابق موجود بیانگر این موضوع است که هیچ عامل عفونی جدیدی به طور تصادفی یا اتفاقی به وجود نیامده و حتی
باور کردن وجود عاملی بیماری‌زا و خطرناک‌تر از عواملی چون عامل ماربورگ یا ویروس تب لاسا که در طبیعت یافت می‌شوند، بسیار دشوار است. در این حال کاربرد دستکاری‌های ژنی با اهداف نظامی، امری است که در طول دهه‌های اخیر مورد استفاده قرار گرفته است. کاربرد اخیر دستکاری‌هاي ژنتيكي، زنگ خطری هشداردهنده و مهلک در راستای تهدید بيولوژيك قلمداد می‌گردد، با این وجود تاکنون مهم‌ترین خطر از ناحیه کاربرد عوامل كلاسيك بيولوژيك و دستکاری نشده بوده است؛ چرا كه پخش و توانايي ابقاء اين عوامل در طبیعت ساده‌تر و کاربردی‌تر به نظر می‌رسد، در صورتي كه عوامل بيولوژيك دستکاری شده، ممکن است به مدت مدیدی توانايي ابقاء در طبیعت نداشته باشند.
یکی از شاخص‌های مهمی که محور توسعه سلاح‌های بیولوژیک در این مرحله است، تولید و توسعه سلاح‌های ژنتیکی است. جنگ‌افزارهای ژنتیکی، عوامل بیولوژیک یا شیمیایی هستند که محل اثرشان بر روی گنجینه‌ی وراثتی ارگانیسم‌های مورد هجوم است و محور دیگر در این مرحله، کاربرد سلاح‌های نژادی یا قومی است. بر طبق تعاریف این قبیل میکروب‌ها یا عوامل فقط نژادها یا نسل‌های خاصی را مبتلا می‌سازند؛ به بیان دیگر سلاح‌های نژادی برای کشتن یا آسیب رساندن به گروه یا گروه‌های نژادی خاص به کار گرفته می‌شوند.
دانشمندی بنام هلمبرگ، در سال ١٩٧٥ میلادی این چنین اظهار می‌دارد كه برخی از عوامل شيميايي و توکسین‌هاي بيولوژيك با قابلیت کاربرد در جنگ مانند تريكوتسن‌ها ، دارای اثرات موتان‌زايي و در نهایت سرطان‌زايي هستند. سلاح‌هاي موتاژنيك و كانسروژنيك بسیار مورد توجه قرار گرفته و در حال پیشرفت هستند. اکنون عواملی مثل نيتروز‌آمين‌ها، هيدرازين‌ها، وينيل‌كلرايد و ساير عوامل آلكيله‌كننده، مواد تراتوژنيك، مواد موتاژنيك و كانسروژنيك به عنوان بمب‌های دارويي نسلي آينده يا عواملي كه بر روي چندین نسل تأثیر مي‌گذارند، توسعه زیادی یافته‌اند. برخی ویروس‌ها هم كه به عنوان عوامل نظامی بیولوژیک مورد استفاده قرار می‌گیرند، دارای قابليت موتاژنيسيتي هستند. همچنین بسياري از سموم مورد استفاده در جنگ‌های بيولوژيك دارای اين خاصیت بوده و براي بشر خطرات جدی به همراه دارند. تعدادی از عوامل فيزيكي، شيميايي و بيولوژيكي منتج به موتاسیون نهفته بوده و اثرات آنها بعداً در چندين نسل یافت خواهد شد. هرچند کاربرد این نوع سلاح‌ها در صحنه‌های جنگ، غير‌محتمل است ولی عوامل توكسيني كه اثراتشان با تأخیر در چندين نسل بعد ديده مي‌شود، بسيار مورد توجه تروريست‌ها و حكومت‌هاي غاصب است.
يكي از برنامه‌هاي واحد ٧٣١ ارتش امپراتوری ژاپن در جنگ جهانی دوم، بررسي و مقایسه مقاومت به عوامل بیماری‌زا در بين گروه‌های نژادی خاص بود. لازم به ذكر است كه سلاح‌هاي با ميكروب‌هاي نژادی، نسل جديد يا كلاس جديدي از سلاح‌هاي بيولوژيك يا سلاح‌هاي شيميايي نيستند، بلکه همان سلاح‌هاي بيولوژيك عادی هستند و با علم بر اينكه كدام یک از آنها بر روي نژاد يا قوم خاصی اثرات مهلک بيشتري می‌گذارند، ساخته می‌شوند.
مرحله چهارم: نگاه جدید به بیوتروریسم
نگاه جدید به پدیده بیوتروریسم از محدوده عملیات‌های تروریستی و نظامی خارج شده و هرگونه عمل برنامه‌ریزی شده‌ای که به‌طور مستقیم یا غیرمستقیم، سلامتی انسان و نیز بهداشت عمومی شهروندان یک جامعه را به صورت دراز‌مدت یا کوتاه‌‌مدت از طریق تهدید امنیت جانی، غذایی و یا زیست‌محیطی به خطر بیاندازد، نوعی بیوتروریسم قلمداد می‌نماید. در این صورت شهروندان کشورهای در حال توسعه همیشه در معرض خطرات ناشی از اعمال بیوتروریستی کشورهای صنعتی و قدرت‌های نظامی بزرگ هستند و این امر می‌تواند در نتیجه عدم آگاهی شهروندان، برنامه‌ریزان و یا ضعف قوانین این کشورها به وقوع بپیوندد.
نکته مهم این است که امنیت غذایی از بارزترین اهداف بیوتروریسم است و در این نوع نگاه به بیوتروریسم، دیگر صرفاً باکتری‌ها و ویروس‌ها به عنوان عامل تهدید کننده تلقی نمی‌گردند. همچنین، از لوازم آرایشی آلوده و ارزان‌قیمت تا داروهای ناشناخته و مکمل‌های غذایی که با انجام تبلیغات گسترده و از طرق مختلف به مردم کشورهای جهان سوم عرضه می‌گردد، غذاهای حاصل از مهندسی ژنتیک که تائید نشده و داروهای جدید کمپانی‌های بزرگ داروسازی که به صورت رایگان و هدیه به کشورهای جهان سوم ارسال می‌نمایند، نیز در راستای نیل به اهداف شوم بیوتروریستی به کار گرفته می‌شود.